Biaya transaksi QRIS dikenal sebagai MDR (Merchant Discount Rate) dan mengikuti ketentuan Bank Indonesia. Untuk GoPay Merchant, MDR QRIS adalah:
- 0% untuk usaha mikro (UMI) setiap transaksi di bawah Rp500.000
- 0,3% untuk usaha mikro setiap transaksi di atas Rp500.000
- 0,7% untuk kategori usaha lainnya (kecil, menengah, besar)
Biaya MDR QRIS dibebankan kepada merchant, bukan kepada pelanggan.
